• Dział Technologii Produkcji Rolniczej i Doświadczalnictwa
• Dział Rozwoju Obszarów Wiejskich
• Dział Ekonomiki i Zarządzania Gospodarstwem Rolnym
• Dział Rolnictwa Ekologicznego i Ochrony Środowiska
• Dział Metodyki Doradztwa, Szkoleń i Wydawnictw
  - Sekcja Wydawnictw
• Dział Teleinformatyki
• Dział Administracyjno-Gospodarczy
• Dział Księgowości
• Dział Kadr i Organizacji Pracy
  - Sekcja Kontroli Wewnętrznej,
  - Sekcja Zarządzania Jakością
• Stanowisko do Spraw Obsługi Prawnej
• Stanowisko do Spraw Bezpieczeństwa i Higieny Pracy
• Stanowisko Bezpieczeństwa Informacji: Zarządzenia Kryzysowego i Spraw Obronnych
• Audytor Wewnętrzny

W skład Oddziałów MODR Warszawa wchodzą zespoły, które realizują zadania odpowiednich merytorycznie Działów, tj. :

zespoły doradcze:

• Technologii Produkcji Rolniczej i Doświadczalnictwa
• Rozwoju Obszarów Wiejskich
• Ekonomiki i Zarządzania Gospodarstwem Rolnym
• Metodyki Doradztwa, Szkoleń i Wydawnictw
• Rolnictwa Ekologicznego i Ochrony Środowiska

oraz zespoły:

• Księgowości
• Teleinformatyki
• Administracyjno-Gospodarczy.

W ramach Oddziału Poświętne z siedzibą w Płońsku funkcjonuje Centrum Edukacyjno - Konferencyjne, działające w formie zespołu.